渊源于西域土著民族文化，又深受伊斯兰文化的影响。根据传说，叶尔羌汗国的拉失德汗与妻子阿曼尼莎汗邀集汗国各地熟悉木卡姆的民间艺人，在音乐家喀迪尔汗.叶尔羌的主持下，对当时散失的木卡姆进行了一次系统的加工和整理，使木卡姆得以定性和发展。

　　“木卡姆”，为阿拉伯语，意为规范、聚会等意，这里转意为大曲，是穆斯林诸民族的一种音乐形式，十二木卡姆就是十二套大曲，其中每一首乐曲既是木卡姆主旋律的有机组成部分，同时，又是具有和声特色的独立乐曲，为木卡姆伴奏的乐器有沙塔尔、弹拨尔、热瓦甫、手鼓、独他尔等。

　　十二木卡姆的源流，从时代和地域因素上讲，一是由古代流传下来的传统音乐的基础上发展成的套曲和歌曲；二是地方音乐，即库车、喀什、吐鲁番、哈密和和田音乐以及刀郎音乐。这种时代和地域因素相互交织渗透，浑然一体。十二木卡姆还有一些地域性变体，其中比较有名且具一定特色的当属刀郎木卡姆和哈密木卡姆。