火箭在点火４秒钟后升空，轰鸣声回荡在戈壁滩上空。这是长征火箭第８８次发射。

　　点火第１２秒，火箭向东稍偏南的方向实施程序拐弯。此时，火箭距地面高度为２１１米。

　　点火第１２０秒，火箭抛掉逃逸塔，这是火箭第一个分离动作。

　　点火第１５９秒，火箭一二级分离成功，一级坠落。此时，火箭已经飞过了平流层和中间层，正在接近大气层边缘。

　　雷达发现飞船目标，雷达跟踪正常。

　　神舟六号飞船上升运行２６０秒后，位于酒泉附近的副着陆场承担的飞船上升段应急返回搜救任务解除。

　　点火５８３秒时，飞船与火箭在高度约２００公里处成功分离。北京航天飞行控制中心传来航天员向地面报告“船箭分离”的声音。

　　神舟六号飞船正常上升运行４４９秒后，着陆场系统榆林搜救责任区任务解除。

　　神舟六号飞船正常上升运行５４４秒后，着陆场系统邯郸搜救责任区任务解除。

　　北京航天飞控中心宣布：飞船正常入轨

　　飞船飞行３０分钟后，两名航天员正飞行舱内翻阅飞行资料。

　　１０月１２日９时３９分，中国载人航天工程总指挥陈炳德宣布：神舟六号载人航天飞行发射成功。

　　９时４３分，温家宝在酒泉卫星发射中心试验指挥楼大厅，代表党中央、国务院、中央军委讲话，祝贺飞船发射成功。

　　飞船飞行速度每秒７点９公里，９０分钟绕地球一圈。